Naypyidaw chỉ có một lịch sử ngắn ngủi, được thành lập ở một nơi đầy cây bụi cách khoảng 3 kilômét (1,9 mi) về phía tây của Pyinmana, và cách xấp xỉ 320 kilômét (200 mi) về phía bắc của Yangon, và bắt đầu được xây dựng từ năm 2002.[2] Chính quyền quân sự đã thuê ít nhất 25 công ty để xây dựng thành phố.[9] Chính quyền quân sự bắt đầu chuyển các bộ trong chính quyền từ Yangon đến Naypyidaw vào ngày 6 tháng 11 năm 2005 vào giờ hoàng đạo theo tính toán của các nhà chiêm tinh là 6:37 sáng.[10] Năm ngày sau đó, 11 giờ trưa ngày 11 tháng 11, một đoàn xe thứ hai gồm 1.100 xe tải quân sự chở 11 tiểu đoàn và đồ của 11 bộ đã dời khỏi Yangon. Người ta mong đợi là các bộ được di dời sẽ bắt đầu hoạt động tại trụ sở mới vào cuối tháng 2 năm 2006; tuy nhiên, việc di chuyển vội vàng đã dẫn đến vấn đề thiếu trường học và các tiện nghi khác nên các viên chức chính phủ đã phải xa gia đình trong một thời gian. Chính phủ ban đầu đã cấm gia đình của các nhân viên chính phủ di chuyển đến thủ đô mới.[11] Cơ quan quân sự đầu não nằm trong một khu vực riêng biệt với các bộ, và dân thường bị cấm vào cả hai khu vực. Những người bán dạo bị giới hạn trong một khu thương mại gần các văn phòng của chính phủ.

Ngày 27 tháng 3 năm 2006, trên 12.000 binh lính đã tuần hành tại thủ đô mới trong sự kiện công cộng đầu tiên: một cuộc diễu hành quân sự lớn để đánh dấu ngày các lực lượng vũ trang Myanmar, ngày kỉ niệm cuộc nổi dậy Myanmar năm 1945 chống lại quân Nhật chiếm đóng. Cuộc diễu hành có cả ba tác phẩm điêu khắc mô tả các vị vua Myanmar gồm Anawrahta, Bayinnaung và Alaungpaya, được coi là ba vị vua quan trọng nhất trong lịch sử Myanmar. Thành phố chính thức được đặt tên là Naypyidaw trong những lễ kỉ niệm này.[12]